査読付き論文

  • “A feedback amplifier circuit with Notch and E2A orchestrates T-cell fate and suppresses the innate lymphoid cell lineages during thymic ontogeny.” Miyazaki K, Horie K, Watanabe H, Hidaka R, Hayashi R, Hayatsu N, Fujiwara K, Kuwata R, Uehata T, Ochi Y, Takenaka M, Kawaguchi RK, Ikuta K, Takeuchi O, Ogawa S, Hozumi K, Holländer GA, Kondoh G, Akiyama T, Miyazaki M.Genes Dev, 2025 Feb 4. [link]

  • “RNAelem: An Algorithm for Discovering Sequence-Structure Motifs in RNA Bound by RNA-Binding Proteins.” Miyake H, Kawaguchi RK, Kiryu H. Bioinformatics Advances, vbae144, 2024. [link]

  • “The transcriptional legacy of developmental stochasticity.” Ballouz S†, Kawaguchi RK†, Pena MT, Fischer S, Crow M, French L, Knight FM, Adams LB, Gillis J. Nature Communications, 14, 7226, 2023. [link] [bioRxiv][essay]

  • “Comprehensive in virio structure probing analysis of the influenza A virus identifies functional RNA structures involved in viral genome replication.” Takizawa N*, Kawaguchi RK. Computational and Structural Biotechnology Journal, 21:5259-72, 2023. [link][bioRxiv]

  • “Learning single-cell chromatin accessibility profiles using meta-analytic marker genes.” Kawaguchi RK, Tang Z, Fischer S, Rajesh C, Tripathy R, Koo PK, Gillis J. Briefings in Bioinformatics, bbac541, 2022. [link] [bioRxiv]

  • “Prevalent and dynamic binding of the cell cycle checkpoint kinase Rad53 to gene promoters.” Sheu YJ, Kawaguchi RK, Gillis J, Stillman B. eLife, 11:e84320, 2022. [link] [bioRxiv]

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総説

  • Kawaguchi RK and Kiryu H. RNA Secondary Structure Alteration Caused by Single Nucleotide Variants. In: RNA Structure Prediction. Methods in Molecular Biology, vol 2586. Humana, New York, 2023. [link]
  • Kawaguchi RK and Kiryu H. Genome-Wide RNA Secondary Structure Prediction. In: RNA Structure Prediction. Methods in Molecular Biology, vol 2586. Humana, New York, 2023. [link]

書籍

  • RNA structure prediction Edited by Kawaguchi RK and Iwakiri J. Methods in molecular biology, Humana New York, 2023. [link]

口頭発表

  • 2023.02.09: iPSアカデミアジャパン研究助成研究発表会 「iPS細胞の分化過程における転写因子のパイオニアネス変化予測」　河口 理紗
  • 2023.12.16: Commemorative Symposium for the 39th International Prize for Biology “Deciphering epigenetic landscapes for variations in gene regulatory networks in mammals” Risa K Kawaguchi
  • 2023.12.10: 第二回GTPハッカソン「一細胞レベルのゆらぎにより細胞集団の“個性”が生み出されるメカニズムに迫る」 河口 理紗
  • 2023.12.07: 日本分子生物学会第64回年会 シンポジウム 「網羅的一細胞トランスクリプトームから見る細胞種特異的なGTPセンサー分子による代謝制御の活性推定」河口 理紗[link]
  • 2023.11.30: CiRA international symposium（Invited）“Prediction of epigenetic regulatory varitaion at single-cell level and its applications for stem cell biology” 河口 理紗[link]
  • 2023.11.15: NGS EXPO 2023（招待講演）河口　理紗 [link]
  • 2023.10.07: 生命情報科学若手の会第15回年会（招待講演）河口 理紗
  • 2023.09.08: IIBMP2023ワークショップ（環境・進化・多様性・非モデル生物） 河口 理紗
  • 2023.08.22: RNAインフォマティクス道場2023 河口 理紗
  • 2023.08.04: 統計物理学国際会議（STATPHYS28）サテライトミーティング-Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems 河口 理紗
  • 2023.06.18: 第5回メディカルAI学会年会「一細胞エピゲノム解析のメタ統合解析による細胞分化メカニズムの関係」
  • 2022.12.10: GTPハッカソン「データサイエンティストが紐解く老化と発達の切っても切れない関係」河口　理紗 [link]
  • 2022.12.07: 定量生物学の会　チュートリアル「離散的配列情報と高次元生命情報をつなぐ統計と機械学習」河口　理紗 [link]
  • 2022.12.02: 第45回日本分子生物学会年会　GTPと疾患治療「GTPセンサー分子の代謝バランス制御機構とヒト表現型へ及ぼす影響の解明」＠幕張メッセ　河口　理紗
  • 2022.11.30: 第45回日本分子生物学会年会　オミクスを重ねた解析から我々は何を知ることができるのか？「ココノオビアルマジロの一細胞トランスクリプトームとエピゲノムの統合解析による発達段階における確率的変動のカナリゼーション検出」Kawaguchi RK, Ballouz S, Pena MT, Knight FM, Adams LB, Gillis J.
  • 2022.11.19: 幹細胞の培養法・培養工学のためのコンソーシアム第6回シンポジウム 「情報生命科学による幹細胞研究の新展開」＠大阪　河口　理紗 [link]
  • 2022.08.28: RNAインフォマティクス道場＠宮崎　河口　理紗
  • 2022.08.18: 長崎ワークショップ「オミクス間不和から探る生体の可塑性とカナリゼーション」＠長崎　河口　理紗
  • 2022.07.21: 第23回日本RNA学会年会 “Nine-banded armadillo transcriptome and chromatin accessibility exhibit variability in identity at cellular resolution”. Kawaguchi RK, Ballouz S, Pena MT, Knight FM, Adams LB, Gillis J.